西历２０３４年，难民暴乱事件已经过去了２年。

经过增加２０名新人得到强化的新生公安９课被卷入了新的事件中。
由１３人组成的，身上有梵之刺青的恐怖组织的连续自杀事件最终在机场协持人质事件中被镇压下去了。
最后，犯人留下了“傀儡轮来了”的遗言后死去。
几乎与此同时又发生了数起疑难事件……
潜伏在这些事件的阴影里的就是超级黑客组织“傀儡轮”的存在……
在新生９课面前一个个发生的疑难事件像艺术一样联系在一起……

傀儡轮”究竟是什么人？巴特和草雉呢？“傀儡轮”和草薙之间有什么样的关系？这些所有的事件的犯人是谁？最后的结局又会怎样？Solid State Society呼唤着这重重的谜题……

「攻殻機動隊STAND ALONE COMPLEX」的历史里又一部杰作诞生了。